与之前的《宝可梦》系列游戏相同，游戏记录了一位年轻的宝可梦训练家训练宝可梦、进行宝可梦对战并挫败敌对组织计划的故事。两个版本彼此独立，但剧情基本相同，玩家可以独立游戏并交换限定的宝可梦以收集宝可梦图鉴。