在游戏中，一个神秘的漂浮岛突然出现在和平的耀西岛上空。在它抵达不久后，一群小孩从岛上的学校消失。还好，马里奥宝宝、桃子公主宝宝，金刚宝宝避免了被绑架。现在，耀西和三个年轻的巨星决定在岛上探索援救小孩们，并且调查恶兆的漂浮岛。